Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep adalah perguruan tinggi di bawah naungan Yayasan Annuqayah yang pada tahun 2018 bernama Institut sains dan Teknologi Annuqayah (IST Annuqayah) dan pada 20 Desember 2023 beralih Status menjadi Universitas Annuqayah berdasarkan SK Kemdikbudristek RI nomor :979/E/0/2023.
Selain Universitas Annuqayah, Yayasan Annuqayah juga menaungi Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (Instika) yang berdiri pada tahun 1984. Instika dengan IST Annuqayah disatukan menjadi Universitas Annuqayah yang memuat disiplin Ilmu-Ilmu Agama, Ilmu Sains, Teknologi dan sosial.
Yayasan Annuqayah merupakan badan hukum yang dimiliki oleh Pondok Pesantren Annuqayah yang berfungsi sebagai badan penyelenggara pendidikan formal. Pondok Pesantren Annuqayah itu sendiri adalah pesantren yang berdiri pada tahun 1887 dan memiliki sejarah yang panjang dalam mengelola pendidikan baik formal maupun nonformal.
Sejak masa awal perkembangannya hingga saat ini, Pondok Pesantren Annuqayah telah melakukan terobosan pendidikan yang menegaskan landasan epistemologi keilmuan yang terbuka.
Visi keilmuan Annuqayah yang juga diilhami oleh salah satu kitab karya Jalaluddin Assuyuthi yang berjudul Itmam al-Dirayah li-Qurra' al-Nuqayah yang di dalamnya tidak membedakan antara ilmu keagamaan murni dan keilmuan lainnya ini mendorong munculnya upaya pengembangan dan pembaruan pendidikan di berbagai aspek, termasuk kelembagaan.